В фильме "Шпионский мандат" Аластер, руководитель секретного спецподразделения, задействованного для защиты планеты, отправляет Джима - нового агента с необычными способностями - на миссию. Под командованием опытного бойца полковника Грина и его отряда морских пехотинцев, Джим должен выяснить происхождение загадочных энергетических аномалий на военной базе в Нью-Мексико. Существует вероятность, что там производятся работы с чуждыми технологиями. Ситуация усложняется, когда их отряд сталкивается с неизведанным противником, обладающим ошеломляющими способностями и умением манипулировать беспамятными солдатами. Героям предстоит прорываться через армии несокрушимых врагов, чтобы раскрыть секреты инопланетной крепости, защитить Землю от угрозы и выявить скрытую истину, стоящую за агрессивными действиями пришельцев.